De eigenaar van de reactor in Petten is door de regering behoed van strafvervolging voor het op grote schaal overtreden van milieuwetgeving. Na een grootscheepse politie-inval on Petten werd er gesproken over 'Oost-Europese'  toestanden met betrekking tot naleving van de wetgeving. Radioactief afval was opgeslagen in zeecontainers, giftig chemisch afval stond onbeschermd in de buitenlucht of was opgeslagen in lekkende houten keten, en gasflessen waren verkeerd opgeslagen in de buurt van de reactor (waardoor ontploffingsgevaar aanwezig was). Het Openbaar Ministerie (OM) wilde Euratom graag vervolgen, maar Euratom is een onderdeel van de Europese Commissie. Buitenlandse Zaken vreesde een diplomatiek conflict en het OM was gedwongen de strafzaak tegen Euratom te laten vallen, nadat Bot persoonlijk verklaarde dat Euratom ('net als ambassadeurs') over immuniteit beschikt en niet strafrechtelijk vervolgd kan worden. Drie andere bedrijven op het terrein (ENC, NRG en Mallinkcrodt) zullen wel aangeklaagd worden, maar gaan zich beroepen op het gelijkheidsbeginsel, waardoor een aantal aanklachten ws. zullen vervallen. Het OM spreekt nu van een 'vrijplaats' en van een schandaal dat Euratom in Nederland niet vervolgd kan worden. De Volkskrant beschikt over interne documenten van het Ministerie van Justitie die deze gang van zaken (en het misnoegen van het OM) duidelijk maken. (zie ook bericht van 25 juni 2004)