De HFR is niet zoals gepland maandag opgestart na een reguliere stop na een cyclus. Bij de routine-controles die vooraf gaan aan iedere reactorstart, functioneerde het aandrijfsysteem van een van de zes regelstaven niet conform de specificaties. Daarom worden er een aantal extra testen uitgevoerd waardoor het opstarten is uitgesteld. De reactor mag in bedrijf zijn door een in februari afgegeven beschikking. Dat was noodzakelijk omdat de HFR niet aan de veiligheidseisen in de vergunning voldoet. Reden voor de beschikking was een dreigend tekort op de wereldmarkt voor medische isotopen. Dat is eigenlijk al geen goed argument (het is gewoon een commerciële activiteit die zich aan de vergunning moet houden), maar nu heeft NRG de rijksoverheid laten weten dat het voortbestaan van het bedrijf in gevaar zou komen als er geen toestemming werd gegeven voor het weer in gebruik stellen van de centrale.

NRG vraagt aan het ministerie van VROM toestemming om de HFR weer op te starten. Vanaf augustus 2008 ligt de reactor stil omdat een gasbellenspoortje in het primaire koelwatersysteem werd ontdekt. Hoewel tot nu toe door NRG werd gezegd dat het aanbrengen van een soort 'binnenband' in de leidingen noodzakelijk was, blijkt nu dat men van plan is de HFR weer op te starten zonder dat. NRG meldt dat na de ontdekking van het gasbellenspoortje "een onderzoeksprogramma naar de oorzaak en een gedetailleerde veiligheidsstudie uitgevoerd (is). Op basis hiervan zijn extra technische maatregelen getroffen, zoals het aanbrengen van afdichtingen en detectiesystemen, waardoor veilig reactorbedrijf gewaarborgd is." Maar de belangrijkste conclusie van die studie was om de oorzaak van die belletjes weg te nemen. Daar wordt nu niet aan voldaan; dat zou namelijk nog anderhalf jaar duren, en zolang wil NRG niet wachten. Dit kun je toch nauwelijks lezen uit het eigen persbericht van NRG.

Uit het gedetailleerd reparatieplan voor het inbrengen van een huls in de leiding van het primaire koelsysteem waar in augustus een gasbellenspoortje werd waargenomen blijkt dat de Hoge Flux reactor ook niet op 16 februari herstart zal kunnen worden, zoals in november werd meegedeeld. Gezien de "complexiteit van de reparatie en zorgvuldigheid waarmee het moet worden uitgevoerd" zal de reparatie een aantal maanden meer tijd vergen. Dit heeft volgens NRG vooral te maken met de vereiste kwalificaties van toe te passen materialen en technieken en training van technisch personeel. De NRG bekijkt "mogelijke alternatieven om de herstart van de reactor te bespoedigen", welke dat zijn is onbekend.

De NRG is van plan om de Hoge Flux Reactor (HFR) in Petten op 16 februari 2009 weer op te starten. Er is een reparatieplan ontwikkeld waardoor de leidingwand van het primaire koelwatersysteem hersteld kan worden. De reparatie bestaat uit het inbrengen van een huls in een leiding van het primaire koelwatersysteem ter hoogte van de corrosie en vervormingen. Deze huls wordt met op afstand bestuurbare apparatuur ingebracht en vervolgens vastgezet door middel van mechanische klemmen. Omdat de leidingen van het primaire koelwatersysteem in beton gegoten en moeilijk te bereiken zijn is de reparatie erg complex. NRG heeft op 21 augustus jl. besloten de HFR niet op te starten na een maand van groot onderhoud en inspecties. Tijdens deze inspecties is in het primaire koelwater systeem een bellenspoor waargenomen, veroorzaakt door corrosie van de leidingen van het primaire koelwatersysteem. Het opstarten werd telkens uitgesteld en permanente sluiting van de reactor was een optie die ook serieus overwogen is.